Elcano ging 1525 erneut auf Entdeckungsfahrt, diesmal als Chefnavigator. Unter dem Kommando von García Jofre de Loaísa, der von König Karl I. beauftragt worden war, sollte es wieder in Richtung Gewürzinseln gehen. Sieben Schiffe und mehr als 450 Besatzungsmitglieder brachen auf, sie sollten die Länder entlang der Route für Spanien in Besitz nehmen. Auf dem Weg dahin starb zunächst Expeditionsleiter Jofre de Loaisa (30. Juli 1526) und entweder am selben Tag oder wenige Tage später auch Elcano im Mittelpazifik. Hier widersprechen sich die Quellen.
Die glücklose Loaísa-Expedition sollte den Seeweg zu den Gewürzinseln über den Atlantik und Pazifik rund um Südamerika herum besegeln. Die Expedition scheiterte. Die restlichen Besatzungsmitglieder wurden am Ende von den Portugiesen gefangen genommen, die gefangen genommenen Spanier erfuhren dann auch noch in Gefangenschaft, dass Spanien 1529 auf die Gewürzinseln verzichtete (Vertrag von Saragossa). Ein Mitglied der Expedition zumindest gelang schließlich die Flucht und kehrte 1534 nach Spanien zurück. Andrés de Urdaneta war damit der erste der neun Jahre nach Elcano und dessen Crew die Umrundung der Erde ebenfalls abschloss. Er war einer der wenigen Überlebenden der Loaísa-Expedition. Allerdings wurde Andrés de Urdaneta in Spanien nicht gerade mit Freude empfangen.
André de Urdaneta war dann Jahre später daran beteiligt, eine Route über den Pazifik zu entdecken, mit der die Philippinen, die 1565 von Spanien eingenommen worden waren, von Mexiko aus erreicht werden konnten. So umging man den Weg um Südafrika und Südamerika und konnte von Neuspanien aus, Schiffe in die Kolonien entsenden.
Die Victoria war ein Holzschiff vom Typ Karacke gewesen. Vermutlich war das Segelschiff 90 Tonnen schwer.
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